Muzeum sídlí v renesančním zámečku – nejstarší budově ve městě. Od roku 2010 je součástí muzea moderní administrativní budova s víceúčelovým sálem pro pořádání krátkodobých výstav a různých akcí. V roce 2020 byla v zámečku po rozsáhlé rekonstrukci otevřena nová bezbariérová stálá expozice Museum pictum s množstvím interaktivních prvků. Zahrnuje část přírodovědnou, historickou, etnografickou a archeologickou věnovanou germánskému kmeni Langobardů. Jejich nejrozsáhlejší pohřebiště ve střední Evropě bylo objeveno v Kyjově při stavbě obchodní zóny.