Muzeum sídlí v části dochovaného městského opevnění ze 14.–16. století s barokním sálem pocházejícím z let 1690–1693. U příležitosti 430. výročí od narození Komenského zde byla nově otevřena stálá expozice Na jevišti světa, věnovaná dílu a odkazu této významné osobnosti. Je doplněna o expozici regionální historie a etnografie s názvem Starožitnosti Uherskobrodska. Mimo tyto expozice muzeum spravuje etnografickou expozici Rolnický dům a hospodářství ve Vlčnově. Zájemci mohou rovněž navštívit řadu krátkodobých tematických výstav připravovaných podle ročního výstavního plánu.
Součástí muzea je obsáhlá knihovna s významnou regionální a komeniologickou literaturou.
Muzeum bylo založeno v roce 1898, sídlí v historických budovách opevnění města.
Expozice:
Na jevišti světa. Jan Amos Komenský a jeho doba;
Uherský Brod v proměnách času;
Starožitnosti Uherskobrodska.
Rolnický dům a hospodářství čp. 57 v obci Vlčnov
Sbírky muzea:
archeologie, historie, etnografie, umění regionu, numizmatika, Komenský v umění, staré tisky a umělecká knižní vazba.
Muzeum připravuje krátkodobé výstavy a kulturní akce.
V muzeu je odborná knihovna, archiv, fotografický archiv a archiv audiovizuálních záznamů.
Vydává mezinárodní odborný časopis Studia Comeniana et historica a pořádá mezinárodní komeniologická kolokvia.
Pořádá rovněž Musaionfilm – přehlídku videofilmů s muzejní tematikou.
Muzeum spolupracuje s Comenius museum v Naardenu v Nizozemsku. Vytvořilo pro něj expozici Mundus Comenii (Svět Komenského).