Areál kláštera byl dokončen ve 13. stol. v pozdním románském slohu. Po zničení areálu husity byl areál obnoven 1587-1592. V 17. stol. byl poničen v průběhu třicetileté války. Raně barokní úprava areálu proběhla v letech 1629–1635. Současnou podobu získal klášter v letech 1685-1735. V roce 1890 získalo klášter Tovaryšstvo Ježíšovo. Od roku 2004 je zde církevní Stojanovo gymnázium. Základy původního cisterciáckého kláštera jsou zpřístupněny v rámci expozice Martyrion – svědkové víry 20. stol.